Wie konnten epigenetische Regulationen entstehen? Eine Theorie legt nahe, dass Imprinting eine Parthenogenese (Jungfernzeugung), bei dem aus einem unbefruchteten Ei ein Embryo wird, imitiert. Vorteil: Nur ein paar Gene zu aktivieren oder zu inaktivieren stellt ein geringeres Risiko dar als die genetischen Vorteile von sexueller Reproduktion.

Heute ist aber die Konflikt-Hypothese die, die am stärksten Zustimmung findet. Sie besagt, dass Imprinting das Ergebnis eines reproduktiven Wettstreits zwischen den Geschlechtern ist.

Der tatsächliche Grund für die Entstehung des Phänomens Epigenetik wird wohl eine Kombination von evolutionären mit Umwelt-Mechanismen sein.